A la infección por clamidia se le conoce como la enfermedad "silenciosa" porque la mayoría de las personas infectadas no presentan síntomas. Cuando se manifiestan, los síntomas aparecen generalmente entre 1 y 3 semanas después del contagio.
En las mujeres, la bacteria infecta inicialmente el cuello uterino y la uretra (el conducto urinario). Las mujeres con síntomas podrían presentar flujo vaginal anormal o una sensación de ardor al orinar. Algunas mujeres siguen sin tener signos ni síntomas aun cuando la infección se propague del cuello uterino a las trompas de Falopio (los conductos que transportan los óvulos desde los ovarios hasta el útero); otras mujeres presentan dolor en la parte inferior del vientre, dolor de espalda, náusea, fiebre, dolor durante las relaciones sexuales o sangrado entre los períodos menstruales. La infección clamidial del cuello uterino puede propagarse al recto.
Los hombres con signos o síntomas podrían presentar secreción del pene o una sensación de ardor al orinar; también pueden sufrir de ardor y picazón alrededor de la abertura del pene. El dolor y la inflamación de los testículos es poco frecuente.
Los hombres o mujeres que tienen relaciones sexuales con penetración anal pueden contraer la infección clamidial en el recto, lo cual puede causar dolor, secreciones o sangrado en el recto.
La infección por clamidia también puede presentarse en la garganta de las mujeres y hombres que han tenido relaciones sexuales orales con una pareja infectada.
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